Od początku swego istnienia Hierapolis było uzdrowiskiem, w którym lekarze wykorzystywali źródła termalne Pamukkale do leczenia swoich pacjentów. Miasto założył w II wieku p.n.e król Pergamonu. W czasach rzymskich Hierapolis stało się jednym z ważniejszych ośrodków przodującym w dziedzinie sztuki czego dowodem jest przetrwały do dziś duży amfiteatr. Miasto przodowało również w dziedzinie techniki. Skonstruowano tu napędzany wodą tartak do przecinania dużych bloków.
Apostoł Paweł prawdopodobnie odwiedził to miasto. Inny apostoł Filip spędził tu swoje ostatnie lata życia, krzewiąc nauki Chrystusa. Mówi się, że zginął on męczeńską śmiercią w Hierapolis, powieszono, bądź ukrzyżowano go głową w dół w 80 r.n.e.
W latach 60-tych XX wieku, na pozostałościach starożytnego miasta Hierapolis zbudowano hotele, niszcząc niektóre ruiny i zmieniając przepływ wody termalnej, która miała zasilać hotelowe baseny. W wyniku tego legendarne białe tarasy stały się suche. Gdy w 1988 roku Pamukkale i Hierapolis wpisane zostały na Listę Światowego Dziedzictwa UNESCO, hotele zostały zburzone, lecz uszkodzone źródła wody termalnej nie powróciły do swego stanu pierwotnego.
