Po zdobyciu Konstantynopola Hagia Eirene nie została przekształcona w meczet, jak Hagia Sophia czy wiele innych kościołów w Stambule, ale raczej w arsenał do przechowywania broni. Z tego powodu nie ma on dodanych minaretów, a wnętrze kościoła nie ucierpiało bardzo na przestrzeni wieków. Zdobienia, które możemy dziś oglądać, pochodzą z drugiej połowy VIII wieku.
Kościół Hagia Eirene, znajdujący się dziś na terenie Pałacu Topkapy, został pierwotnie wybudowany w IV wieku. Był to pierwszy kościół w Konstantynopolu. W tym bizantyjskim kościele w liturgicznej absydzie znajduje się syntronon, półkolista, piętrowa konstrukcja. Charakterystyczny dla kościoła wschodniego, dziś jest to rzadko spotykany element architektoniczny. W początkach chrześcijaństwa, kamienne ławki ustawione w półkolu były używane przez duchownych podczas liturgii. Układ ten miał wzniosłe znaczenie. Wejście biskupa na syntronon symbolizowało zarówno ofiarę Chrystusa, jak i jego chwałę. Siedzący na tronie dostojnik kościoła otoczony duchownymi był analogią Jezusa wśród swoich uczniów.
Mozaiki tego kościoła zostały umieszczone w okresie ikonoklazmu w wieku VIII. Był to czas w Cesarstwie Bizantyńskim charakteryzujący się powszechnym niszczeniem wizerunków religijnych. W Hagia Eirene figuratywny wizerunek w absydzie nad syntrononem został zastąpiony prostym krzyżem z kształtami łez na złotym tle.
