Jest to typowy klasztor z epoki bizantyjskiej, zbudowany na początku XII wieku przez żonę cesarza bizantyńskiego Irenę Węgierską. Gdy w pobliżu wybudowano kolejny kościół, obie świątynie połączone zostały kaplicą tworząc w ten sposób Klasztor Pantokratora. Jest to druga co do wielkości bizantyjska budowla religijna po Hagia Sophia, wciąż stojącą w Stambule. Pierwotnie kompleks mieścił 50-łóżkowy szpital, szkołę medyczną, aptekę i bibliotekę. Po zdobyciu Konstantynopola w 1453 r. sułtan Mohmed II przekształcił klasztor w pierwszą osmańską instytucję edukacyjną w Stambule. Ostatecznie klasztor prawosławny został przekształcony w meczet Zeyrek.
