Założona w 1699 roku jezuicka misja San Francisco Javier de Viggé-Biaundó przetrwała tylko dwa lata. Miejscowa ludność Cochimi nie była zbyt przyjazna Europejczykom i zmusiła ich do zaprzestania ewangelizacji. Kilka lat później nowa misja została przeniesiona w inne miejsce w sąsiedztwie ze znacznie lepszymi zasobami wodnymi. Jest to dzisiejsza wioska San Javier. Do 1758 roku jezuici zbudowali najpiękniejszy ze wszystkich kościołów misyjnych na półwyspie Kalifornijskim. Położenie z wysokimi szczytami w tle i sama architektura kościoła sprawiają, że misja ta zdecydowanie wyróżnia się spośród innych w tym rejonie Meksyku.
