Świątynia ta ufundowana w 669 roku jest centrum sekty egzoterycznego buddyzmu o nazwie Hosso (znanej równiej jako Yuishiki, "tylko umysł"). Wraz z utworzeniem stolicy Japonii w mieście Nara w 770 roku Kofuku-ji było pierwszą świątynią, która została tu przeniesiona. Znajdująca się do dzisiaj w centrum miasta rozrosła się ona wówczas raptownie w swym rozmiarze i bogactwie, a to dzięki patronatowi władców, oraz potężnej rodziny Fujiwara. W swej historii Kofuku-ji sprawowało kontrolę nad świątynią szinto Kasuga Taisha, oraz była silnie dominującym centrum politycznym tego regionu.